今天介紹的主角riboCIRC數(shù)據(jù)庫同TransCirc數(shù)據(jù)庫一樣，探討的都是circRNA編碼小肽的故事

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riboCIRC數(shù)據(jù)庫的網址為

見文末

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大家使用的時候也不要忘記引用參考文獻

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Li, H., Xie, M., Wang, Y. et al. riboCIRC: a comprehensive database of translatable circRNAs. Genome Biol 22, 79 (2021).?https://doi.org/10.1186/s13059-021-02300-7

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一、riboCIRC數(shù)據(jù)庫基本介紹

riboCIRC數(shù)據(jù)庫，研究的也是circRNA編碼多肽，就機制而言同TransCirc數(shù)據(jù)庫大同小異。所以我仔細想了想，什么叫ORF，什么叫IRES，什么是circRNA編碼蛋白的機制，以及包括m6A修飾這些，在之前的推文中都悉數(shù)介紹過了，所以大家再了解一下這個數(shù)據(jù)庫的基本構建，基本上就掌握的八九不離十了。大家在使用的時候可以跟Transcirc數(shù)據(jù)庫進行對比思考，以加深理解。如Transcirc數(shù)據(jù)庫對預測circRNA是否可以編碼蛋白進行了證據(jù)等級評分，從多個方面來預測circRNA編碼蛋白的可能性；而riboCIRC數(shù)據(jù)庫則簡單粗暴地直接使用了Ribo-seq數(shù)據(jù)集進行分析，更加可信。riboCIRC數(shù)據(jù)庫分析了3168個Ribo-seq公共數(shù)據(jù)集以及1970個相匹配的RNA-seq數(shù)據(jù)集，包括了314項研究，21個物種的信息，最終完成了一個以翻譯組學為導向的circRNA數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫目前包含了6個不同物種（人，小鼠，大鼠，線蟲，果蠅，斑馬魚）的2247條預測可以進行翻譯的circRNA以及216條經實驗驗證過可以翻譯的circRNA，原理如下圖所示：

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的circRNA研究相关数据库，riboCIRC使用指南的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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