TCGA免疫浸润评价数据库，TIMER 2.0 使用指南
生活随笔
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TCGA免疫浸润评价数据库，TIMER 2.0 使用指南
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對于RNA-seq的數(shù)據(jù)，之前我們的分析方法只是局限于單個基因之間的整合分析，最多也就是做一下富集這樣的聚類分析。前段時間隨著腫瘤免疫的熱度，也有人試著開始利用RNA-seq這樣的數(shù)據(jù)來評價患者的免疫情況。
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基本的過程也就是我們提供RNA-seq的數(shù)據(jù)。然后使用相對應(yīng)的算法來評估每個樣本的免疫浸潤程度。51xxziyuan.com
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目前關(guān)于免疫浸潤的評估就有 TIMER, CIBERSORT, quanTIseq, xCell, MCP-counter等一些的算法，這些很多都是需要自己下載代碼來進(jìn)行分析的。但是TIMER算法的作者，最近把TCGA所有癌癥的RNA-seq的基于不同算法的結(jié)果都進(jìn)行了運(yùn)算，同時也把結(jié)果放到了網(wǎng)站上，這樣我們就可以查各個算法當(dāng)中具體的免疫情況。今天我們就來介紹一個TIMER 2.0這個數(shù)據(jù)庫。
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總結(jié)
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