3蛋白wb_老司机手把手教你选WB内参
俗話說,一個生物學博士,要跑滿1000面膠才能畢業。今天特邀實驗室博三大師兄,和大家聊一聊WB內參那些小事。
選擇好合適并且好跑的內參,WB實驗也就成功了一半。
1. 什么是內參?
內參即內部參照,一般是指由管家基因編碼表達的蛋白,它們在各組織和細胞中的表達相對恒定,在檢測蛋白的表達水平變化時常用它來做參照物
2. 內參的作用是什么?
(1)校正蛋白樣品定量以及上樣過程中的誤差,保證實驗結果的準確性
(2)作為空白對照,檢測WB過程中蛋白轉膜是否完全以及發光顯色體系是否正常
3. 如何選擇內參?
(1)根據樣本的種屬來源選擇,如哺乳動物或者植物等
(2)考慮目的蛋白的分子量大小,一般需要與目的蛋白的分子量相差5kd以上
(3)根據蛋白表達位置選擇不同的內參,不同的細胞器中選擇的內參也不同
(4)內參的選擇需要考慮試驗處理條件對于內參表達的影響:
- 由于GAPDH是糖酵解過程中的酶,所以關于糖代謝的研究(如糖尿病模型)不能選擇GAPDH作為內參;而某些細胞中,缺氧也會影響GAPDH的表達,此時也不可以選擇GAPDH作為內參
- 做細胞骨架相關的研究時不能選擇β-actin作為內參
- 做細胞毒性實驗時,TATA binding protein和Lamin B會發生變化,此時不可以選擇其作為內參
最后,是一些個人實驗過程中的感悟和想法。
我自己是在做腫瘤方面的課題,除了做糖代謝方面最好不選擇GAPDH作為內參外,將腫瘤組織與正常組織相比時,最好也不要選擇GAPDH作為內參,因為很多腫瘤組織中的GAPDH相對于正常組織是高表達的,并且有文獻報道GAPDH可以作為腫瘤標志物。
一般情況下,做全細胞和細胞質的WB實驗時,選擇β-actin基本能滿足大部分的需要。而考察細胞核樣品時,由于Histone H3是染色體的組成型表達組分,表達相當穩定,并且特別好跑,可以算是細胞核內參的首選
另外,針對一些特定的內參,蛋白上樣量超過一定的量時,出來的條帶可能不會有顯著的差別。以前看過一篇文獻講的應該是β-actin,當上樣量超過20 μg時,條帶灰度不會呈線性的增加。因此,在做WB校正時,調節合適的上樣量也是影響實驗成功較大的一個因素。
原文發表于 Island Academic Express
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總結
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