1.關于MITK：

MITK的全稱是”The Medical Imaging Interaction Toolkit”。它是一款開源的交互式醫學圖像處理軟件開發和應用平臺。MITK將ITK和VTK整合為一個應用框架。該軟件由德國一個研究室開發。官網地址為：http://mitk.org/wiki/MITK?。

與MITK同名的還有另一款由中科院自動化研究所開發的軟件，全稱為”Medical Image Toolkit, MITK“。官網地址為：http://www.3dmed.net/download.htm。

本文介紹的MITK是指德國研究室開發的軟件。在隨后的博文中再介紹中科院自動化所研發的同名軟件。
MITK軟件的下載地址為：http://mitk.org/wiki/Downloads?。本文所演示的軟件是在Windows 7平臺下的64位軟件，MITK Workbench。

中科院下載鏈接：http://www.3dmed.net/download.htm

2. MITK的基本操作：

以下是下載MITK的安裝包，并且安裝后的MITK Workbench的啟動后的主界面。

以下介紹在該軟件上的一些基本操作：

2.1 加載DICOM序列圖像

作為一個醫學影像處理軟件。最基本的功能當然是導入醫學影像數據了。醫學影像一般是以序列的形式存放在文件夾里。
點擊工具欄中的”DICOM”字樣的按鈕，會彈出一個對話框，提示用戶選擇要導入的影像序列的位置。點擊”Scan directory”可以選擇本地存儲影像的位置。

用戶在本地硬盤上選擇要顯示的影像序列后，在MITK Dicom Browse的界面中會顯示加載進來的數據，按照Patients, Studies, Series的層次進行顯示。

如上圖所示，該患者有一個檢查，這個檢查中只有一個序列。
選中要顯示的序列后，上方最右側的“View”按鈕變為可用狀態。
這時，該序列便顯示在了左側的Data Manager方框中。

2.2 實現MPR瀏覽切面的功能

在顯示的序列文字上，點擊鼠標右鍵，在右鍵菜單中選擇第一項“Global Reinit”。這時該序列的MPR圖像便會顯示在右側的三個視圖中。如下圖所示。

顯示MPR后，在左下角的”Image Navigator”界面中，會顯示MPR的軸線中心的坐標位置，以及軸、矢和冠狀位三個切片的序號。
從顯示的值可以看出，此時MPR軸線的中心點坐標為（6.00,171.00，-1136.35）。軸、矢、冠的序號分別為：150,256,256。

2.3 三維重建體數據的功能

除了MPR的視圖外，右下角是三維視圖。當加載影像并顯示MPR序列時，默認會把三個層片共同顯示在三維視圖中。

如果想要觀察數據體的三維影像，需要對體數據進行Volume Rendering。
點擊工具欄中的最后一個名稱為Volume Visualization的按鈕。此時會彈出一個界面，用來設置體渲染的一些選項。
勾選第一項Volume Rendering。則在第四個窗口中會顯示數據體三維重建，并且增加了預設的顏色和透明度傳遞函數后的結果。

3. 基于MITK的區域生長分割：

由于MITK集成了ITK和VTK。在ITK中提供了很多成熟的圖像分割和配準的算法。因此，MITK將ITK封裝的這些算法提供了出來。以下簡要介紹其中的區域生長分割算法的應用。

點擊工具欄從右往左數第四個，名稱為Segmentation的按鈕，即為圖像分割的按鈕。
此時，會彈出一個圖像分割的工具箱面板。

面板的最上面部分為Data Selection，是用戶選擇待分割的圖像和創建保存分割結果的。
默認將體數據作為分割對象。創建一個名稱為bone_segment的標簽，作為保存分割結果的文件。
該分割工具箱面板提供了分割的2D Tool和3D Tool。

2D Tool包括：Add, Subtract, Correction, Paint, Wipe, Region Growing, Fill, Erase, Live Wire, 2D Fast Marching的分割功能；
3D Tool包括：Threshold, UL Threshold, Otsu, Fast Marching 3D, Region Growing 3D, Watershed, Picking的分割功能。

這里介紹Region Growing 3D算法。

Region Growing在ITK中有不同的實現算法。通過這里的界面顯示，MITK中應用的應該是ITK中的connectedThresholdImageFilter的類來實現區域生長的分割功能。
默認的閾值上下限為體數據的灰度最小值和最大值。這里載入的是CT數據，所以下限是-1024.0, 上限是1791.0。通過查閱資料，要分割的股骨區域的灰度范圍約為280~1791，因此修改下限值為280。
然后點擊鍵盤上的Shift鍵后，同時用鼠標在MPR的任一個面上選取股骨區域的一個點作為種子點。如下圖所示為，在冠狀位上選取了一個種子點。

然后點擊分割面板中的“Run Segmentation”按鈕，即可以在MPR區域顯示出區域生長后的區域。選中分割面板的3D preview選項，則會將分割后的區域進行三維重建，顯示在第四個窗口中。

參考鏈接：
1.?http://mitk.org/wiki/MITK
2.?http://www.mitk.net/
3.?http://www.oschina.net/p/mitk

總結

以上是生活随笔為你收集整理的MITK医学Python开发入门详细版的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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