r语言数据变量分段_R数据分析:用R语言做meta分析
這里以我的一篇meta分析為例,詳細描述meta分析的一般步驟,該例子實現(xiàn)的是效應量β的合并
R包:metafor或meta包,第一個例子以metafor包為例。
1.準備數(shù)據(jù)集
2.異質(zhì)性檢驗
install.packages("metafor")library(metafor)metamod可以看到I^2為28.34%,屬于低度異質(zhì)性,可采用固定效應模型。異質(zhì)性低的時候可以采用固定效應模型和隨機效應模型,結(jié)果差別不大,但高異質(zhì)性只能選擇隨機效應模型,否則會使結(jié)果外推性受到約束。此處選擇隨機效應模型是出于保守情況考慮。
- fixed-effect model是基于跨研究間不存在異質(zhì)性的假設,也就是其合并時,默認運算是認為所納入合并的研究均為同質(zhì);
- random-effect model是基于跨研究間存在異質(zhì)性的假設,該合并模型承認研究間異質(zhì)性的存在,但是不對異質(zhì)性加以處理;
- 如果納入合并的研究間存在異質(zhì)性,盡管未達到我們常規(guī)設定的I^2>50%,但是在用fixed-effect model合并時,默認運算直接忽略這一部分異質(zhì)性的存在,這樣合并的結(jié)果會造成假陽性誤差,而選用random-effect model合并時,盡管不處理異質(zhì)性,但是其默認運算承認異質(zhì)性的存在,合并結(jié)果更可信!
3.森林圖繪制
forestplot結(jié)果如下圖
黑色方塊表示的是權(quán)重大小,對應著右方的weight,水平橫線是95%置信區(qū)間。菱形是合并效應值,95%置信區(qū)間小于0,意味著meta分析結(jié)果有統(tǒng)計學意義。
4.文獻發(fā)表偏倚檢驗
可以用漏斗圖及Begger's及Egger's檢驗
funnel(metamod)ranktest(metamod)#Begg's檢驗#regtest(metamod)#Egger's檢驗#可能是由于文獻數(shù)量的限制,漏斗圖呈現(xiàn)明顯不對稱模式,無法判斷是由于發(fā)表偏倚所致還是文獻數(shù)量太少的緣故
可以看出Begg's檢驗及Egger's 檢驗的結(jié)果,P值都是大于0.05的,也就意味著沒有發(fā)表偏倚。
5.敏感性檢驗
leavelout(metamod,digits = 3)
本文轉(zhuǎn)載自CSDN一個人旅行*-*
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總結(jié)
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