其中StringTie 在組裝轉(zhuǎn)錄本的完整度，精度和速度方面都較以往的cufflinks 有很大的提升。

StringTie 使用說明:

stringtie [-G ] [-l ] [-o ] [-p ]

[-v] [-a ] [-m ] [-j ] [-f ]

[-C ] [-c ] [-g ] [-u]

[-e] [-x ] [-A ] [-h] {-B | -b }

選項:

--version : 輸出軟件的版本信息

-G 參考序列的基因注釋文件 (GTF/GFF3)

-l 輸出轉(zhuǎn)錄本的名稱前綴 (default: STRG)

-f 最少轉(zhuǎn)錄本的比例 (default: 0.1)

-m 組裝轉(zhuǎn)錄本的最小長度 (default: 200)

-o 組裝轉(zhuǎn)錄本的GTF注釋文件 (default: stdout)

-a 連接位點錨定序列的最小長度 (default: 10)

-j 連接位點的最小覆蓋度 (default: 1)

-t 基于覆蓋度對預(yù)測的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行修正 (default: coverage trimming is enabled)

-c 組裝轉(zhuǎn)錄本的reads最小覆蓋度(default: 2.5)

-v 輸出log 信息

-g 比對上的reads 間距大于閥值則新城一個新的轉(zhuǎn)錄束 (default: 50)

-C 輸出參考轉(zhuǎn)錄本中被reads 覆蓋到的轉(zhuǎn)錄本

-M 轉(zhuǎn)錄束允許多比對reads覆蓋的最大占比 (default:0.95)

-p 線程(CPU)數(shù) (default: 1)

-A 基因豐都輸出文件

-B 在輸出的GFT同目錄下輸出Ballgown table 文件

-b 在 目錄下輸出Ballgown table 文件

-e 只對參考轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行豐都評估 (requires -G)

-x 不在參考序列區(qū)域組裝任何的新轉(zhuǎn)錄本

-u 多比對校正 (default: correction enabled)

-h 輸出軟件的幫助信息

轉(zhuǎn)錄本合并模式使用說明:

stringtie --merge [Options] { gtf_list | strg1.gtf ...}

選項

-G ? ?參考轉(zhuǎn)錄本的注釋信息 (GTF/GFF3)

-o ? ? ?合并轉(zhuǎn)錄本的GTF輸出文件 (default: stdout)

-m ? ? ?合并轉(zhuǎn)錄本的最小長度(default: 50)

-c ? ? ?合并轉(zhuǎn)錄本的最低覆蓋度(default: 0)

-F ? ? 合并轉(zhuǎn)錄本的最小FPKM值(default: 1.0)

-T ? ? ?合并轉(zhuǎn)錄本的最小TPM值(default: 1.0)

-f ? ? ?isoform 最小比例(default: 0.01)

-g ? ? ?轉(zhuǎn)錄本見GAP長度小于閥值則合并兩轉(zhuǎn)錄本 (default: 250)

-i? ? ? ? ? ? ? ?允許合并轉(zhuǎn)錄本中有內(nèi)含子保留; by default

-l ? ? ? ?輸出的轉(zhuǎn)錄本名稱前綴 (default: MSTRG)

如果您對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析感興趣的話，可以學(xué)習(xí)我的課程：

《有參轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析》

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的有参组装新转录本cufflinks_转录本组装软件StringTie的使用说明的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。