在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）中，基因的表達(dá)量是我們關(guān)注的重點(diǎn)。基因表達(dá)量的衡量指標(biāo)有：RPKM、FPKM、TPM。

RPKM：Reads Per Kilobase Million；說(shuō)實(shí)話，這個(gè)英文說(shuō)明真的很費(fèi)解，其實(shí)可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million Reads”?，即“每一百萬(wàn)條Reads中，對(duì)基因的每1000個(gè)Base而言，比對(duì)到該1000個(gè)base的Reads數(shù)”，計(jì)算公式。

FPKM：Fragments per Kilobase Million，F(xiàn)PKM意義與RPKM極為相近。二者區(qū)別僅在于，F(xiàn)ragment 與 Read。RPKM的誕生是針對(duì)早期的SE測(cè)序，F(xiàn)PKM則是在PE測(cè)序上對(duì)RPKM的校正。只要明確?Reads 和 Fragments的區(qū)別，RPKM和FPKM的概念便易于區(qū)分。Reads即是指下機(jī)后fastq數(shù)據(jù)中的每一條Reads，F(xiàn)ragments則是指每一段用于測(cè)序的核酸片段，在SE中，一個(gè)Fragments只測(cè)一條Reads，所以，Reads數(shù)與Fragments數(shù)目相等；在PE中，一個(gè)Fragments測(cè)兩端，會(huì)得到2條Reads，但由于后期質(zhì)量或比對(duì)的過(guò)濾，有可能一個(gè)Fragments的2條Reads最后只有一條進(jìn)入最后的表達(dá)量分析。總之，對(duì)某一對(duì)Reads而言，這2條Reads只能算一個(gè)Fragments，所以，F(xiàn)ragment的最終數(shù)目是Reads的1到2倍之間。

TPM：?Transcripts Per Million，這個(gè)英文也很費(fèi)解。先不糾結(jié)字面意思了，直接解釋它的計(jì)算方法。TPM的計(jì)算分3步：

step1：根據(jù)基因/轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度?校正count值；假設(shè)某基因count值為R1，則校正后count值為：

R1/(L1/1000)?；

注: L1為該基因的長(zhǎng)度；

step2：計(jì)算total 校正后count值；即所有基因的校正后count值?總和，Rtotal；

step3：計(jì)算TPM；TPM?結(jié)果為：

R1*1000*1000000/(L1*?Rtoatl)。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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