生物信息學(xué)-蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測(cè)

Structural analysis & prediction of proteins

文章目錄

• 生物信息學(xué)-蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測(cè)
• • 1.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi) (Classification)
  • 2.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)顯示 (Visualization)
  • 3.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) (Prediction)
  • • • 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)從頭預(yù)測(cè)方法的探索
  • 4.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析的應(yīng)用 (Application)
  • • 1.基本理化性質(zhì)分析
    • 2.蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)信號(hào)與細(xì)胞定位分析
    • 3.跨膜蛋白結(jié)構(gòu)分析
    • 4.修飾位點(diǎn)、切割位點(diǎn)分析及其他

1.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi) (Classification)

primary structure—secondary structure—Domain

SCOP分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)SCOP（structure classification of proteins）
SCOP的層次:家族（family）、超家族（superfamily）、折疊（fold）、結(jié)構(gòu)類(lèi)型（class）

蛋白質(zhì)家族：

1.（序列含義）對(duì)位排列具有大于50%的同一性，且具有相似生化功能的一組蛋白質(zhì)。–SCOP, CATH

2.（結(jié)構(gòu)含義）具有顯著結(jié)構(gòu)相似性但序列相似性并不必需的一組蛋白質(zhì)。 --FSSP/DALI
蛋白超家族： 有遠(yuǎn)源序列相似性的不等長(zhǎng)度的蛋白質(zhì)家族的組合。超家族成員具有共同的進(jìn)化祖先

2.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)顯示 (Visualization)

3.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) (Prediction)

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)從頭預(yù)測(cè)方法的探索

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4.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析的應(yīng)用 (Application)

1.基本理化性質(zhì)分析

－ Amino acid composition (氨基酸組成)
－ Molecular weight (分子量)
－ Hydrophobicity (疏水性)
－ Solvent accessibility (溶劑可進(jìn)入性)
－etc

分析工具：
單機(jī)軟件：BioEdit, DNAstar, etc
在線服務(wù)：Expasy Protparam, Protein calculator, EBI-
SAPS, etc

2.蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)信號(hào)與細(xì)胞定位分析

Prediction of subcellular location and signal sequences

3.跨膜蛋白結(jié)構(gòu)分析

4.修飾位點(diǎn)、切割位點(diǎn)分析及其他

－ Glycosylation site (糖基化位點(diǎn))
－ Acetylation site (乙酰化位點(diǎn))
－ Phosphorylation site (磷酸化位點(diǎn))
－ Cleavage site by protease (蛋白酶切割位點(diǎn))
－ etc

Services list (dtu.dk)

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的生物信息学学习笔记（二）--蛋白质的结构分析与预测Structural analysis prediction of proteins的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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