自己感興趣的一些序列作為數(shù)據(jù)庫，然后用blastn把測序的read比對到自己建立的數(shù)據(jù)庫中。

1.用fasta文件創(chuàng)建blast數(shù)據(jù)庫

makeblastdb 
-in input_file
-input_type type   #輸入的文件類型：String, `asn1_bin', `asn1_txt', 
                               `blastdb', `fasta'
-dbtype molecule_type #要生成的數(shù)據(jù)庫類型：String, `nucl', `prot'
-title database_title
-parse_seqids  #保持fasta文件內(nèi)的序列名，否則程序會給它重新安排一個名詞。
-out database_name
   

2.然后用blastn比對

blastn
-query #要比對的文件，接收fasta文件。
-db #要比對的數(shù)據(jù)庫，用makeblastdb生成數(shù)據(jù)庫會產(chǎn)生6個文件，只要寫數(shù)據(jù)庫的名詞即可，后綴不要寫。
-out #輸出文件

　　

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的用blastn比对自己建立的数据库的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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