核心程序調(diào)用 Primer3_core，基本用法：

primer3_core [ -format_output ] [ -default_version=1|-default_version=2 ] [ -io_version=3|-io_version=4 ] [ -p3_settings_file= ] [ -echo_settings_file ] [ -strict_tags ] [ -output= ] [ -error= ] [ input_file ] 參數(shù)簡析： *-format_output 讓 primer3_core 產(chǎn)生人類易讀的結(jié)果，否則產(chǎn)生機器易讀的結(jié)果。 -default_version=n 默認設(shè)置為n=2，讓primer3使用最新的默認設(shè)置；n=1則讓程序使用 2.23 或之前版本的設(shè)置 -io_version=n n=3時，軟件向低版本兼容；n=4是默認設(shè)置，能使用2.0版本和以后版本一些新功能。 -p3_settings_file=file_path 指定primer_core的設(shè)置文件，該設(shè)置文件的設(shè)定取代默認設(shè)置。當然，input file的設(shè)置也能取代這個文件的設(shè)置。 -echo_settings_file 打印出p3_settings_file中的設(shè)置信息。如果沒有指定設(shè)置文件，或含有-format_output，則該參數(shù)失效 -strict_tags 要求嚴格的標簽。如果設(shè)置文件中的標簽不能被機器識別，則產(chǎn)生重大錯誤。 -error=file_path 指定錯誤信息輸出路徑，如果不指定，則輸出到stderr中。 *-output=file_path 指定輸出文件路徑，如果不指定，則輸出到標準輸出。 *input_file 配置文件 配置文件設(shè)置 即為Boulder-IO格式的，每一個引物設(shè)計的記錄的結(jié)尾以“=\n”進行分隔。 SEQUENCE_ID=example. ? ??　　#序列名字　　 SEQUENCE_TEMPLATE=　　　　#序列模版鏈，方向5’-3‘ SEQUENCE_INCLUDED_REGION= （start），（length） ##從第strat起，到后面length長度序列中設(shè)計引物 SEQUENCE_TARGET=（start），（length） ##從第strat起，到后面length長度序列為擴增目的片段，引物設(shè)計在這兩側(cè) SEQUENCE_EXCLUDED_REGION=（start），（length）。 ?##設(shè)計引物避開此區(qū)域 SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST。 ?##SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST=100,50,300,50 ; 900,60,, ; ,,930,100 表明有引物設(shè)計有三種選擇： 左引物在100～150bp區(qū)間進行設(shè)計，右引物在300～350bp的區(qū)間進行設(shè)計； 左引物在900～960bp區(qū)間進行設(shè)計，右引物隨意； 右引物在930～1030bp區(qū)間進行設(shè)計，左引物隨意。 SEQUENCE_OVERLAP_JUNCTION_LIST?　　##指定引物在此位置要有重疊。 PRIMER_TASK=generic?　　　　 PRIMER_NUM_RETURN=1000　　　　##引物最大返回數(shù)量 PRIMER_DNA_CONC=500　　 PRIMER_DNTP_CONC=0.8 PRIMER_SALT_CORRECTIONS=1 PRIMER_SALT_MONOVALENT=50 PRIMER_SALT_DIVALENT=1.5 PRIMER_MAX_END_GC=2 ? PRIMER_MIN_GC=35 PRIMER_MAX_GC=65 PRIMER_MIN_TM=58 PRIMER_MAX_TM=64 PRIMER_OPT_TM=60 PRIMER_MIN_SIZE=20 PRIMER_MAX_SIZE=26 PRIMER_OPT_SIZE=22 PRIMER_PAIR_MAX_DIFF_TM=2 PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-180　　##引物長度范圍 PRIMER_PICK_ANYWAY=1 =

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的primer3批量设计引物的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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