之前寫過一篇關于利用Discover Studio進行DNA建模的步驟，很方便快捷，但是用它來提交到haddock進行分子對接時，由于格式不兼容，提交文件總是報錯。所以改用Amber進行DNA建模。

Amber中有一個專門用來進行DNA建模的工具：NAB，它屬于AmberTools package的一部分，絕對路徑一般在~/amber16/AmberTools/bin/nab

創建一個DNA雙螺旋結構分為兩步：
1、新建一個空白文檔命名為 nuc.nad，并寫入以下內容：
molecule m;
m = fd_helix(“abdna”,“ttcgt”,“dna”);
putpdb(“nuc.pdb”,m,"-wwpdb");

其中第二行的第二個引號內容為你想創建的DNA序列，其余地方可以不用修改。

2、運行NAB程序：
$~/amber16/AmberTools/bin/nab nuc.nab
$./a.out

其中a.out是上一步的其中一個輸出文件。運行完便可以生成nuc.pdb文件了，這個pdb和amber、haddock兼容，不用修改任何atom names。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Amber进行DNA建模详细步骤的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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