關于微陣列芯片和RNA-seq的比較

轉錄組代表存在于細胞中RNA的全部類型，包括mRNA、rRNA、tRNA以及其它各種非編碼RNA等。轉錄組是了解細胞過程的主要手段，微陣列（Microarray）和RNA-seq（RNA sequencing）是轉錄組分析中的兩種主要技術。它們的主要區別在于，微陣列基于預先設計的標記探針與目標cDNA序列的雜交，而RNA-seq通過測序技術對cDNA鏈進行直接測序。

微陣列

微陣列取決于雜交探針，根據雜交信號強度定量基因相對表達水平。

首先從樣品中提取總RNA，然后構建cDNA文庫。將cDNA與預先設計的帶熒光標記的DNA探針在固體表面（spot matrix）混合，互補序列將與微陣列中的標記探針雜交。通過檢測微陣列的探針熒光強度，這些探針代表了不同的基因，可獲得各基因的相對表達譜。

一般而言，微陣列探針的熒光強度應與樣品中互補cDNA（代表轉錄物）的豐度成正比。但是該技術的準確性取決于所設計的探針，已知序列的堿基組成以及探針雜交的親和力，因此具有局限性。微陣列技術不能用低豐度的轉錄本進行，且不能區分同工型以及鑒定遺傳變異。此外，探針也常伴隨交叉雜交，非特異性雜交等問題。

RNA-seq

RNA-seq是一種快速且高通量的方法，不依賴于預先設計的探針或已知的序列堿基特征，因此具有較高的靈敏度和檢測新基因以及遺傳變異的能力。

首先提取總RNA并在純化后片段化處理，然后構建cDNA文庫，使用高通量測序的方法對cDNA進行測序。獲得測序序列后比對到參考基因組上（或者從頭組裝轉錄本后再比對），根據測序序列的覆蓋情況定量基因表達。

理論上，如果測序深度足夠深，則可以覆蓋到所有基因，包括尚未發現的新基因，并能實現全長基因水平的定量。并且RNA-seq本身是一種測序技術，能獲得基因的堿基組成信息，因此除了用于定量基因表達外，還可用于基因組結構研究，這是微陣列芯片無法比擬的。但是高通量的方法存在一定的假陽性問題是不可忽視的，并且二代測序在建庫時也存在非特異性擴增的偏移，三代測序定量相對準確但價格昂貴。

微陣列和RNA-seq的比較

就目前來說，小編比較推薦使用RNA-seq進行轉錄譜研究。一是數據量大，覆蓋基因組范圍更廣；二是不受物種基因組是否已知所限制；三是RNA-seq數據的靈活度高，并能用于基因組結構分析。

總結

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