一、背景

關(guān)于耐藥性有很多數(shù)據(jù)庫可以使用，但是CARD的優(yōu)勢在于數(shù)據(jù)庫較為準(zhǔn)確，只有經(jīng)過文章進(jìn)行驗證后的基因才會被記錄

二、軟件鏈接

軟件github:

GitHub - arpcard/rgi: Resistance Gene Identifier (RGI). Software to predict resistomes from protein or nucleotide data, including metagenomics data, based on homology and SNP models.https://github.com/arpcard/rgi#check-database-version軟件文章：

CARD 2017: expansion and model-centric curation of the comprehensive antibiotic resistance database | Nucleic Acids Research | Oxford Academic (oup.com)https://academic.oup.com/nar/article/45/D1/D566/2333912軟件web版本：

The Comprehensive Antibiotic Resistance Database (mcmaster.ca)https://card.mcmaster.ca/home

?

三、下載安裝

在linux系統(tǒng)上安裝較為簡單，可以直接使用conda進(jìn)行安裝

conda create --name rgi conda install --channel conda-forge --channel bioconda --channel defaults rgi

可以直接下載軟件后手動進(jìn)行安裝

########安裝 wget https://card.mcmaster.ca/latest/software tar -jxvf card-software.tar.bz2 tar -zxvf 5.2.1.tar.gz cd rgi-5.2.1/ conda env create -f conda_env.yml conda activate rgi pip install . -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

四、具體使用

使用時需要先添加對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫

wget https://card.mcmaster.ca/latest/data tar -xvf data ./card.json ######local版本 rgi load --card_json /path/to/card.json --local ######system版本 rgi load --card_json /path/to/card.json

添加數(shù)據(jù)庫后rgi有三種使用方式，對應(yīng)不同的數(shù)據(jù)

RGI main (Genomes, Genome Assemblies, Metagenomic Contigs, or Proteomes)

RGI bwt (Metagenomic Short Reads, Genomic Short Reads)

RGI kmer_query (K-mer Taxonomic Classification)

后兩種目前暫未發(fā)表

rgi main -i test.fa -o test -t contig --include_loose --local --clean

其中-t 為模式可選擇輸入contig或是蛋白序列，--include_loose輸出時會有l(wèi)oose的結(jié)果，--local是使用前面添加的local數(shù)據(jù)庫，--clean會將對應(yīng)的臨時文件刪除只留下結(jié)果文件

如果為contig軟件會自動進(jìn)行ORF的查找，使用Prodigal軟件進(jìn)行查找，如果無法找到對應(yīng)的ORF，則不會進(jìn)行后續(xù)的分析，所以可能會導(dǎo)致假陰性的結(jié)果，并且軟件默認(rèn)小于30bp的不會進(jìn)行分析，如果contig的質(zhì)量不好以及序列較短，需要加上--low_quality參數(shù)，如果提交的是蛋白序列則會跳過ORF預(yù)測這一步，直接進(jìn)行數(shù)據(jù)庫的比對，使用的是blast和diamond，默認(rèn)是blast，查找對應(yīng)的同源基因，其中還有剩余的多個模式protein variant model、rRNA gene variant model、protein overexpression model

最終會生成兩個文件txt和json文件，文件結(jié)果在github上有具體說明

?

?其中Best_Hit_ARO對應(yīng)相關(guān)的耐藥基因

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的CARD耐药数据库Linux使用的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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