RDKit | 处理RDKit分子Mol对象
生活随笔
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RDKit | 处理RDKit分子Mol对象
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Mol對象的組成
由于Mol對象是分子,因此它們自然是由原子組成的。分子是通過原子間鍵的形成而形成的。
導入庫
from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem, Draw print('rdkit version: {}'.format(rdBase.rdkitVersion))rdkit version: 2019.09.3
載入數據
suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20200114172835.sdf') mols = [x for x in suppl if x is not None] len(mols)
Atom對象
Mol.GetAtoms()
Mol.GetAtomWithIdx(idx)
for mol in
總結
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