從功能基因研究的角度來講，相關(guān)的搜索，比如從序列數(shù)據(jù)庫中，找同源的序列，或者對(duì)一個(gè)對(duì)一個(gè)新的基因功能進(jìn)行鑒定，使用hmmer比使用blast有著更高的靈敏度已經(jīng)更高的搜索速度，但其應(yīng)用還遠(yuǎn)沒有blast普及。

hmmer下載與安裝

對(duì)于Mac OS/X, Linux, UNIX系統(tǒng)，用源代碼編譯安裝：

% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz

% tar zxf hmmer-3.0.tar.gz

% cd hmmer-3.0

% ./configure

% make

% make check

windows系統(tǒng)，直接下載二進(jìn)制壓縮包，解壓就可以使用，下載地址：

hmmer包含的程序

phmmer： 與Blastp類似，使用一個(gè)蛋白質(zhì)序列搜索蛋白質(zhì)序列庫；

> phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

jackhmmer： 與psiBlast類似，蛋白質(zhì)序列迭代搜索蛋白質(zhì)序列庫；

> jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

hmmbuild： 用多重比對(duì)序列構(gòu)建HMM模型；

hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列庫；

hmmscan： 使用序列搜索HMM庫；

hmmalign： 使用HMM為線索，構(gòu)建多重比對(duì)序列；

> hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa

hmmconvert： 轉(zhuǎn)換HMM格式

hmmemit： 從HMM模型中，得到一個(gè)模式序列；

hmmfetch： 通過名字或者接受號(hào)從HMM庫中取回一個(gè)HMM模型；

hmmpress：格式化HMM數(shù)據(jù)庫，以便于hmmscan搜索使用；

hmmstat： 顯示HMM數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)計(jì)信息；

使用HMM模型搜索序列數(shù)據(jù)庫

使用hmmbuild構(gòu)建HMM模型，輸入為Stockholm格式或者FASTA格式的多重比對(duì)序列文件(如：tutorial/globins4.sto)，命令如下：

> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

globins4.hmm為輸出的HMM模型

使用hmmsearch搜索蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫為FASTA格式，命令如下：

> hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out

globins4.out為輸出的結(jié)果文件，如下：

*示例使用官方教程中的示例

使用蛋白質(zhì)序列搜索HMM數(shù)據(jù)庫

構(gòu)建HMM數(shù)據(jù)庫，HMM數(shù)據(jù)庫是包含多個(gè)HMM模型的文件，可以從Pfam、SMART、TIGRFams下載，也可以自己由多重比對(duì)序列集中構(gòu)建，如：

> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

> hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto

> hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto

> cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam

使用hmmpress格式化數(shù)據(jù)庫，包括壓縮以及創(chuàng)建索引，命令如下：

> hmmpress minifam

這個(gè)步驟可以很快的執(zhí)行完成，輸出的內(nèi)容如下：

Working… done.

Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).

Models pressed into binary file: minifam.h3m

SSI index for binary model file: minifam.h3i

Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f

Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p

使用hmmscan搜索HMM數(shù)據(jù)庫，命令如下：

> hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME

輸出如下：

后記

這里主要是一個(gè)入門式的教程，介紹了hmmer的安裝，以及最常用功能使用的命令示例。其他程序的使用，以及每個(gè)程序的詳細(xì)參數(shù)說明，請(qǐng)參看官方手冊(cè)，

官方文檔手冊(cè)(pdf)：ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf

使用中，遇到的問題，或者疑難，可以留言討論。內(nèi)容轉(zhuǎn)自：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1753

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的pfamscan 的使用_Hmmer安装与使用的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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