集合的交集一幫采用Venn圖進(jìn)行展示，但當(dāng)集合數(shù)目超過(guò)3時(shí)，使用Venn圖直接展示會(huì)顯得比較雜亂，我們傾向于使用UpSet展示。 這里，我們介紹UpSet的概念，并展示如何使用UpSet package繪制圖.

Venn圖繪制

直接在Rstudio窗口顯示：

library(VennDiagram) library(RColorBrewer) grid.newpage() venn_plot <- venn.diagram(x = list(smps_clin,smps_mrna,smps_mirna,smps_cnv,smps_meth_cg),category.name=c('clin','mrna','mirna','cnv','meth_cg'),filename = NULL, ) grid.draw(venn_plot)

UpSet 元素解讀

三個(gè)條形圖表示A，B，C三個(gè)集合大小；第一行三個(gè)空白?表示不存在與A，B, C三個(gè)集合的元素，第2-4行表示僅存在于其中一個(gè)集合的元素，以此類推. 如下所示

UpSet 包使用

UpSet提供兩個(gè)轉(zhuǎn)換函數(shù)fromList and fromExpression用于格式化數(shù)據(jù)

• fromList接受一個(gè)命名list，每個(gè)元素表示一個(gè)集合.

listInput <- list(one = c(1, 2, 3, 5, 7, 8, 11, 12, 13), two = c(1, 2, 4, 5, 10), three = c(1, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13)) upset(fromList(listInput), order.by = "freq")

• fromExpression函數(shù)接受一個(gè)命名向量表達(dá)式，包含了每個(gè)集合的大小，以及交集的大小，交集的名稱通過(guò) & 符號(hào)相連，例如

expressionInput <- c(one = 2, two = 1, three = 2, `one&two` = 1, `one&three` = 4, `two&three` = 1, `one&two&three` = 2) upset(fromExpression(expressionInput), order.by = "freq")

• 直接使用矩陣

> library(UpSetR) > require(ggplot2) > > movies <- read.csv(system.file('extdata','movies.csv',package='UpSetR'),header = T,sep=';') > head(movies)Name ReleaseDate Action Adventure 1 Toy Story (1995) 1995 0 0 2 Jumanji (1995) 1995 0 1 3 Grumpier Old Men (1995) 1995 0 0 4 Waiting to Exhale (1995) 1995 0 0 5 Father of the Bride Part II (1995) 1995 0 0 6 Heat (1995) 1995 1 0Children Comedy Crime Documentary Drama Fantasy Noir Horror Musical 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1 0 0 1 0 0 0 0 5 0 1 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 1 0 0 0 0 0 0Mystery Romance SciFi Thriller War Western AvgRating Watches 1 0 0 0 0 0 0 4.15 2077 2 0 0 0 0 0 0 3.20 701 3 0 1 0 0 0 0 3.02 478 4 0 0 0 0 0 0 2.73 170 5 0 0 0 0 0 0 3.01 296 6 0 0 0 1 0 0 3.88 940 > upset(movies,nsets=7,nintersects = 30,mb.ratio = c(0.5,0.5), + order.by = c('freq','degree'),decreasing = c(T,F))

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的R语言中使用UpSet包绘制多集合Venn图的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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