參考：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/61963366

一、目的

講解二代測序如何從很短的reads拼接為一個完整的基因組（雙端測序，如何對 paired-end 進行拼接）

二、單端測序

測序中最簡單的辦法，只有一種測序引物，使得PCR只能沿著這個引物的方向進行，所有的reads都只能按照一個方向進行讀取。但是這帶來了一些問題，以illumina為例，測序的質量會隨著測序的進行而下降，所以reads越向后越不準確；后來，研究者們想出來的解決辦法就是雙端測序，對一個長為500bp的序列，單端測序下游質量會很差，但是從兩個方向上分別測250bp-300bp然后再拼接起來，就可以大大提高測序的準確率了。

三、雙端測序

雙端測序的接頭序列比較復雜，首先在兩個方向上分別進行測序，就需要有兩個不同方向的測序引物（下圖Rd1 SP和Rd2 SP）；其次，為了區別兩個方向的reads（分為read1和read2），其中一個測序引物前面要添加一小段index序列進行標記。

在雙端測序中，每一個read的長度都要超過整個待測序列的一半。所以?？梢愿鶕蓚€reads重合的部分進行拼接：

總結

以上是生活随笔為你收集整理的初学生信——双端测序原理的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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