在甲基化芯片中，一次檢測的是很多細胞的甲基化狀態。對于某個CpG 位點來說，有些細胞的這個位點是甲基化的，而另外的細胞是非甲基化的。

對于探針的甲基化水平，最常見的定量方式包括beta 值和M 值兩種。

beta 值

計算公式為

M / (M + U + offset)

U 代表非甲基化信號強度，M 代表甲基化的信號強度, offset 是偏移量。 offset 是為了防止分母為0的情況出現。beta值實際上是甲基化信號強度的百分比。

在minfi中，使用getBeta函數計算探針的beta 值

> head(getMeth(mSet)[1, 1:3])5640269011_R01C01 5640269011_R01C02 5640269011_R02C01 cg00050873 ? ? ? ? ? ? ?5284 ? ? ? ? ? ? ? 137 ? ? ? ? ? ? ? 214 > head(getUnmeth(mSet)[, 1:3])5640269011_R01C01 5640269011_R01C02 5640269011_R02C01 cg00050873 ? ? ? ? ? ? ?6645 ? ? ? ? ? ? ? 148 ? ? ? ? ? ? ? 246 > head(getBeta(mSet)[, 1:3])5640269011_R01C01 5640269011_R01C02 5640269011_R02C01 cg00050873 ? ? ? 0.442954145 ? ? ? ? 0.4807018 ? ? ? ? 0.4652174

探針cg00050873在樣本5640269011_R01C01中的甲基化信號強度為 5284，非甲基化信號強度為 6645， 5284 /（5284 + 6645) 正好就是beta值。

從這里也可以看出，minfi中的getBeta 函數默認的offset 值為0。在GenomeStudio軟件中，計算beta值時offset = 100。 在minfi中，如果想要和GenomeStudio軟件的beta值保持一致，需要設置getBeta的offset 參數，比如 getBeta(mSet, offset = 100)。

M值

計算公式為

log2 (M / U)

U 代表甲基化信號強度，M 代表非甲基化的信號強度

在minfi中，使用getM函數計算探針的M 值

> head(getM(mSet)[1, 1:3])5640269011_R01C01 5640269011_R01C02 5640269011_R02C01 cg00050873 ? ? ? ?-0.3306387 ? ? ? -0.11142128 ? ? ? ?-0.2010475

探針cg00050873在樣本5640269011_R01C01中的甲基化信號強度為 5284，非甲基化信號強度為 6645， log2 (5284 / 6645) 正好就是M值。

beta 值是最常用的甲基化水平的定量方式，主要用于差異分析，而M值適用于樣本間的特征比較，比如基于M值的矩陣，通過MDS的方法來分析樣本間的關系。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的beta 值和 M 值: 衡量样本甲基化水平的金标准的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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