森林圖是以統(tǒng)計指標和統(tǒng)計分析方法為基礎，用數值運算結果繪制出的圖型。它在平面直角坐標系中，以一條垂直的無效線(橫坐標刻度為1 或0) 為中心，用平行于橫軸的多條線段描述了每個被納入研究的效應量和可信區(qū)間(CI)，用一個棱形(或其它圖形) 描述了多個研究合并的效應量及可信區(qū)間。它非常簡單和直觀地描述了Meta 分析的統(tǒng)計結果，是Meta 分析中最常用的結果表達形式。

今天就來學習一個非常不錯的繪制森林圖的R包——forestploter包。

1. 安裝和加載R包

安裝可以直接從CRAN上安裝。

install.packages("forestploter") library(forestploter)

2. 加載示例數據

示例數據使用前面森林圖推文的數據，在公眾號后臺回復森林圖數據免費獲取，格式如下圖所示。

library(readxl) dt?<-?read_excel("forest.xlsx")

3. 數據處理

簡單處理下數據格式，比如組別前面添加空格。

dt$Subgroups?<-?ifelse(is.na(dt$HR),dt$Subgroups,paste0("??????",?dt$Subgroups))

然后再創(chuàng)建一列空列，用來后面存放森林圖的圖形部分。

dt$`?`?<-?paste(rep("?",?20),?collapse?=?"?")

正常需要在圖形顯示數據的文本部分，這里可以使用代碼實現，也可以提前在Excel中填好。

dt$`HR?(95%?CI)`?<-?ifelse(is.na(dt$HR),?"",sprintf("%.2f?(%.2f?to?%.2f)",dt$HR,?dt$LowerCI,?dt$UpperCI))

4. 繪制圖形

下面可以使用forest()函數來簡單繪制圖形。

首先選中需要在圖上顯示的列別，這里只需要數據框中的第1，5，6列，2，3，4列用來繪制圖形部分。

然后使用ci_column參數指定圖形部分存放的位置。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2) plot

如上就繪制好了簡單的森林圖。

5. 自定義森林圖參數

這個包還有豐富的參數來調整圖形美化。

5.1 添加參考線

可以使用ref_line來繪制參考線，也就是X軸上的零線，默認位置是1，可以設置其他參數調整位置。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2) plot

5.2 添加軸標題和腳注

可以使用arrow_lab參數和footnote參數來添加軸標題和腳注。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.") plot

5.3 設置軸范圍和刻度位置

可以使用xlim參數設置坐標軸的限制范圍，設置ticks_at參數設置坐標軸的刻度位置。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.",xlim?=?c(0,?3),ticks_at?=?c(0,?1,?2,?3)) plot

5.4 設置圖形主題

這個函數還有專門的圖形主題函數——forest_theme()函數，用來美化圖形。

主要可設置圖形部分包括：字體大小、字體簇、置信區(qū)間的美化、坐標軸、參考線、腳注等內容。

forest_theme(base_size?=?12,?base_family?=?"",ci_pch?=?15,?ci_col?=?"black",?ci_lty?=?1,?ci_lwd?=?1,?ci_Theight?=?NULL,legend_name?=?"Group",?legend_position?=?"right",?legend_value?=?"",xaxis_lwd?=?0.6,?xaxis_cex?=?1,refline_lwd?=?1,?refline_lty?=?"dashed",?refline_col?=?"grey20",vertline_lwd?=?1,?vertline_lty?=?"dashed",?vertline_col?=?"grey20",summary_fill?=?"#4575b4",?summary_col?=?"#4575b4",footnote_cex?=?0.6,?footnote_fontface?=?"plain",?footnote_col?=?"black",... )

可以將設置好的主題函數傳遞給對象，然后在forest()函數中使用。

tm?<-?forest_theme(base_size?=?10,refline_col?=?"red",footnote_col?=?"#636363",footnote_fontface?=?"italic")plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.",xlim?=?c(0,?3),ticks_at?=?c(0,?1,?2,?3),theme?=?tm)

5.5 其他函數

使用前面的參數基本就可以繪制一個很漂亮的森林圖了，但是還有其他函數用來局部調整圖形。

可以使用add_text函數用來在繪制好的森林圖的添加文字，使用add_underline 函數用來在森林圖的第一行添加水平粗線。

forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.",xlim?=?c(0,?3),ticks_at?=?c(0,?1,?2,?3),theme?=?tm)add_underline(plot,?row?=?NULL,?col?=?NULL,?part?=?"header")

參考資料

forestploter幫助文檔

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的forestploter包，超赞的森林图绘制新R包的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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