vasp算表面吸附流程_VASP实例分析表面吸附计算
本文主要為了記錄在學習Vasp計算過程中如何設置INCAR中的一些參數,并不著重講解其含義,詳見可自行到vasp官網查閱。
其次關于建模部分也不做細致討論,一般結構可從Materials Studio里自帶的晶體數據庫導出,或從三大數據庫網站上下載:
1、Materaials Project網址:https://materialsproject.org/(強烈推薦,郵箱注冊即可使用)
2、CCDC網址:https://www.ccdc.cam.ac.uk/
3、ISCD:http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html
一、表面吸附計算
這里以W(100)表面吸附CO分子為例,暫不做收斂性測試,主要為了記錄一些參數的設定,計算流程如下:
1.對W晶胞進行結構優化
INCAR設置:
#### initial I/O ####SYSTEM = WISTART = 0 ICHARG = 2 LWAVE = .FALSE. #優化晶胞時,不開波函數,節省計算時間LCHARG = .FALSE. #優化晶胞時,不開電荷密度,節省計算時間#### Ele Relax 電子步#### ENCUT = 225 #截斷動能根據相關文獻或贗勢確定,也可自己做收斂性測試ISMEAR = 1 #金屬體系SIGMA = 0.2 #POTCAR值確定EDIFF = 0.1E-4 NELM = 60 LREAL = .F.PREC = Normal#### Geo opt 離子步####EDIFFG = -0.05IBRION = 2 POTIM = 0.2 NSW = 100 ISIF = 3 #需要優化W的離子位置、晶胞常數和體積POSCAR設置(固定原子優化):
W bulk1.0 3.16520000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 3.16520000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 3.16520000 W2Selective dynamics #固定原子位置優化時添加Direct 0.000000000 0.000000000 0.000000000 F F F #F代表固定該原子位置 0.500000000 0.500000000 0.500000000 F F F #T代表放開優化該原子2.W晶胞切W(100)面并優化
INCAR設置:
#### initial I/O ####SYSTEM = WISTART = 0 ICHARG = 2 LWAVE = .FALSE. LCHARG = .FALSE. #### Ele Relax #### ENCUT = 225 ISMEAR = 1 SIGMA = 0.2 EDIFF = 0.1E-4 NELM = 60 LREAL = .F.PREC = NormalALGO = Fast#### Geo opt ####EDIFFG = -0.05IBRION = 2 POTIM = 0.2 NSW = 100 ISIF = 2 #優化表面3.優化CO分子
- 將CO分子放置在bulk中,晶格常數:a=b=c=10;α=β=γ=90
INCAR設置:
#### initial I/O ####SYSTEM = COISTART = 0 ICHARG = 2 LWAVE = .F. LCHARG = .F. #### Ele Relax #### ENCUT = 400 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.2 EDIFF = 0.1E-4 NELM = 60 LREAL = .F.ALGO = Normal#### Geo opt ####EDIFFG = -0.02IBRION = 2 POTIM = 0.2 NSW = 100 ISIF = 24.W(100)表面上吸附CO分子并優化
- CO分子放置在W(100)表面上的bridge位置上,C-W鍵長1.90A,C-O鍵長1.144A。
- INCAR設置同上,只需修改POTCAR和K點即可。
5.CO吸附能計算
- 從OUTCAR文件中可以得到W(100)-CO的Total energy為:
- CO的能量為:
- W(100)表面的能量為:
- 計算吸附能公式如下:
得到CO分子的吸附能
6.如何計算單原子催化劑的結合能
- 結合能公式如下:
其中,是負載了單原子的整體催化劑能量:是沒有負載單原子時,載體的能量:是每個單原子的能量,是用無限大的塊體金屬中平均每個金屬的能量:
: 為什么單原子催化劑的結合能往往算出來是正值?(正值代表吸熱)答:因為我們用上述方法算出的結合能是和Bulk能量比較,所以一般算出來是正值,除了負載在石墨烯上的單原子具有較強的穩定性其結合能為負值;如果是和孤立的單原子比較的話其結合能就是負值了。
:為啥不用下面的模型計算單原子的能量,也就是真空原子的能量。有以下兩點原因(1、化學意義;2、算不準)答:
(1)化學意義。為了解釋這個問題,我們還要從化學本質上去考慮。單原子催化劑最終會失活發生聚集,聚集產物就是大的金屬顆粒,那么為了探討單原子催化劑的穩定性,肯定要和大塊金屬去比,而不是和真空中的單原子去比。(2)算不準,對于Cu原子還好,但是對于Fe,Co,Ni這些孤立原子,不同的初始磁矩設置會得到非常不一樣的結果(差1eV以上)。這樣怎么讓別人去重復這些結果呢?怎么保證我們計算是有意義的?如果是塊體金屬,Fe,Co,Ni也有實驗的磁矩作為參考,最后大家算出來的結果都是可靠、可重復的。DFT是更擅長橫向比較的。
7.雙原子催化劑的穩定性計算
公式同單原子基本一樣:
8.n個原子的團簇的穩定性計算
這時候有兩種方案都可以了,因為隨著原子數增多,這個時候DFTR計算對于團簇會給出一個比較可靠的能量值了(可重復)
以上內容均為學習中的一些總結,如有錯誤,還請批評指教。
總結
以上是生活随笔為你收集整理的vasp算表面吸附流程_VASP实例分析表面吸附计算的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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