大家来盘点最热门的基因组测序新成果吧
生活随笔
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大家来盘点最热门的基因组测序新成果吧
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
種屬:南極蠓(Belgica antarctica)基因組:99 million bp南極蠓是南極洲唯一一種完全陸生的本土動物,南極蠓測序揭向人們展示了極端環境對基因組結構的限制,這項研究于八月十二日發表在Nature Communications雜志上。不能飛的南極蠓是目前基因組最小的昆蟲,但它卻具有差不多13,500個功能基因。南極蠓基因組之所以那么小,是因為它的內含子很短,而且重復序列和轉座元件稀少。“我們感興趣的是,其他極端環境生物(南極的扁虱、螨蟲等)的基因組是不是也這么特別,”文章的共同作者,俄亥俄州立大學的David Denlinger教授說。研究人員指出,在南極蠓中熱激蛋白、抗氧化酶、水通道蛋白的表達模式很獨特。正是這些適應性改變幫助南極蠓在嚴酷的環境條件下生存下來,在那里干燥、嚴寒和高紫外線輻射是家常便飯。“這是首次測序極端環境下的昆蟲,為以后的比較研究奠定了基礎,”華盛頓州立大學的Joanna Kelley說。“此前有研究認為,有效群體大小越小基因組就越大,但我們看到南極蠓正好與此相反。”
種屬:西部錦龜(Chrysemys picta bellii)基因組:~2.6 billion bp西部錦龜是北美最普遍的本地龜,它具有一些非凡的特性。西部錦龜可以在幾乎冰凍的情況下存活,當它在冰封的池塘中冬眠時還會停止呼吸,等到早春再蘇醒。研究人員對西部錦龜的基因組進行了測序,發現它耐受缺氧和寒冷的能力,來自于脊椎動物的常見基因。他們通過轉錄組分析發現,在低氧條件下,大腦內19個基因和心臟內23個基因的表達顯著增加。
種屬:非洲腔棘魚(Latimeria chalumnae)基因組:~2.86 billion bp人們曾經認為腔棘魚早在七千萬年前就已滅絕,直到1938年一只腔棘魚在南非海岸被漁民捕獲。這種魚看上去跟三億年前的化石差不多,因此也被稱為“活化石”。研究人員測序了腔棘魚的整個基因組,發現其蛋白編碼基因變化很小。化石研究顯示,腔棘魚的四個鰭逐漸轉變成為動物的四肢。研究人員將腔棘魚的基因組與四足脊椎動物進行比較,鑒定了大量二者共有的調控DNA,而這些DNA是普通魚類不具備。他們將上述序列插入小鼠胚胎,啟動了一系列基因的表達,這些基因與手腕、腳踝、手指和腳趾的骨形成有關。
Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome
種屬:西部錦龜(Chrysemys picta bellii)基因組:~2.6 billion bp西部錦龜是北美最普遍的本地龜,它具有一些非凡的特性。西部錦龜可以在幾乎冰凍的情況下存活,當它在冰封的池塘中冬眠時還會停止呼吸,等到早春再蘇醒。研究人員對西部錦龜的基因組進行了測序,發現它耐受缺氧和寒冷的能力,來自于脊椎動物的常見基因。他們通過轉錄組分析發現,在低氧條件下,大腦內19個基因和心臟內23個基因的表達顯著增加。
種屬:非洲腔棘魚(Latimeria chalumnae)基因組:~2.86 billion bp人們曾經認為腔棘魚早在七千萬年前就已滅絕,直到1938年一只腔棘魚在南非海岸被漁民捕獲。這種魚看上去跟三億年前的化石差不多,因此也被稱為“活化石”。研究人員測序了腔棘魚的整個基因組,發現其蛋白編碼基因變化很小。化石研究顯示,腔棘魚的四個鰭逐漸轉變成為動物的四肢。研究人員將腔棘魚的基因組與四足脊椎動物進行比較,鑒定了大量二者共有的調控DNA,而這些DNA是普通魚類不具備。他們將上述序列插入小鼠胚胎,啟動了一系列基因的表達,這些基因與手腕、腳踝、手指和腳趾的骨形成有關。
Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome
總結
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