RNA测序到底可不可靠呢?
生活随笔
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RNA测序到底可不可靠呢?
小編覺(jué)得挺不錯(cuò)的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個(gè)參考.
只要技術(shù)成熟,當(dāng)然靠譜!首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA,然后反轉(zhuǎn)錄為c-DNA后進(jìn)行的二代高通量測(cè)序,在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的重疊組裝,從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本。進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。進(jìn)一步說(shuō),若和下一階段的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較,則可以得到全部的(在轉(zhuǎn)錄層面)基因表達(dá)的上調(diào)及下調(diào)--這就形成了表達(dá)譜。
相對(duì)來(lái)說(shuō),是可靠的。由美國(guó)FDA牽頭的測(cè)序質(zhì)量控制(SEQC)項(xiàng)目對(duì)RNA測(cè)序的準(zhǔn)確性、可重現(xiàn)性和信息含量進(jìn)行了綜合性評(píng)估,究團(tuán)隊(duì)使用RNA參照樣本,在全球多個(gè)實(shí)驗(yàn)室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平臺(tái)上進(jìn)行了檢測(cè)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),所有測(cè)序深度都會(huì)出現(xiàn)未注釋的外顯子-外顯子連接區(qū)域,其中80%以上都得到了qPCR的驗(yàn)證。用RNA測(cè)序檢測(cè)相對(duì)表達(dá)可以得到準(zhǔn)確且可重復(fù)的結(jié)果,但RNA測(cè)序和芯片都不能提供精確的絕對(duì)測(cè)量,而且研究用到的平臺(tái)都存在基因特異性的偏好,包括qPCR。
相對(duì)來(lái)說(shuō),是可靠的。由美國(guó)FDA牽頭的測(cè)序質(zhì)量控制(SEQC)項(xiàng)目對(duì)RNA測(cè)序的準(zhǔn)確性、可重現(xiàn)性和信息含量進(jìn)行了綜合性評(píng)估,究團(tuán)隊(duì)使用RNA參照樣本,在全球多個(gè)實(shí)驗(yàn)室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平臺(tái)上進(jìn)行了檢測(cè)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),所有測(cè)序深度都會(huì)出現(xiàn)未注釋的外顯子-外顯子連接區(qū)域,其中80%以上都得到了qPCR的驗(yàn)證。用RNA測(cè)序檢測(cè)相對(duì)表達(dá)可以得到準(zhǔn)確且可重復(fù)的結(jié)果,但RNA測(cè)序和芯片都不能提供精確的絕對(duì)測(cè)量,而且研究用到的平臺(tái)都存在基因特異性的偏好,包括qPCR。
總結(jié)
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